Bien que placé officiellement au second rang seulement parmi les villes de la Décapole, Colmar n'en était pas moins de beaucoup la plus importante, et l'on peut même dire, qu'au point de vue politique tout au moins, c'est elle seule qui donnait quelque poids à la confédération des villes impériales. Situé au milieu d'une plaine fertile, couverte de champs, de pâturages et de vignobles, traversé par la Lauch et par un bras de la Fecht, à proximité du cours de l'Ill qui devient navigable dans le voisinage immédiat de la cité, pas trop éloigné du Rhin, débouché naturel pour la large et fertile vallée de Munster, Colmar est devenu de bonne heure la ville principale de la Haute Alsace et l'est resté jusque vers la fin du premier tiers du XIXème siècle. Sans avoir jamais exercé une influence décisive dans les luttes provinciales du moyen âge, elle n'en avait pas moins joué un certain rôle dans le passé de l'Alsace. Au début du XVIIème siècle, c'était une place assez forte, aux nombreux bastions, aux cavaliers puissants, qui avaient remplacé peu à peu, depuis la fin du XVIème siècle, les vieilles tours du moyen âge; on y travaillait encore au moment où éclata la guerre de Trente Ans.
La ville, aux rues étroites et resserrées comme celles de toute place forte datant de si loin, présentait néanmoins quelques édifices considérables. Parmi les églises, on y remarquait tout d'abord celle de Saint-Martin, commencée au Xllle siècle, et restaurée de nos jours, puis celle de Saint Pierre, alors temple protestant, et livrée aux Jésuites en 1698. Parmi les couvents, nous ne nommerons que celui des Dominicaines des Unterlinden, dont les vastes salles et les cloîtres ombreux renferment, depuis le bombardement dé Strasbourg et la destruction de ses musées, les plus belles collections artistiques et archéologiques de l'Alsace. En fait de bâtiments civils, on peut mentionner l'ancien Hôtel de Ville, le Wagkeller, devenu, vers la fin du XVIIe siècle, le palais du Conseil souverain ; la Douane ou Kaufhaus, les grands greniers de la ville (Kornlaub), etc. Un visiteur français disait de Colmar, en 1685, que c'était « une belle ville, à peu près comme Meaux. Les maisons en sont à la mode du pays, c'est-à-dire sans aucun ornement d'architecture, mais seulement enjolivées par le devant de quelques médiocres peintures. Les rues m'en parurent serrées et tortueuses ». Ichtersheim, au contraire, moins gâté sans doute que le touriste parisien, nous assure que les rues étaient belles et bien pavées, et que la population de la ville, du moins les gens aisés, se recommandaient à la fois par leur moralité et par leur aménité.
Cette population ne s'occupait guère d'industrie, un peu plus de commerce, trafiquant avec Strasbourg, Bâle ou Montbéliard, et vivait principalement du rendement de ses champs et de ses vignobles, ainsi que de l'élève du bétail. Aussi n'a-t-elle progressé que fort lentement, plus lentement peut-être que n'importe quelle autre localité de la province. On affirme qu'elle comptait environ 9.000 âmes au milieu du XVle siècle. A la veille de la Révolution, après un siècle de paix profonde pour la Haute Alsace, il n'y eu avait encore que 11.000. En 1697, La Grange lui donnait 1.100 maisons, 1.478 familles 10.142 âmes. Au rapport de l'intendant, la population était alors à peu près exactement partagée au point de vue confessionnel, mi-luthérienne, mi-catholique, comme déjà un demi-siècle auparavant.
Vu l'importance relative de Colmar, on nous permettra de nous étendre un peu plus longuement sur son passé que sur celui des autres villes de la Décapole. La recherche de ses origines nous fait remonter assez loin en arrière, alors même que nous ne nous arrêterons pas aux temps préhistoriques, comme certaines découvertes nous y autoriseraient peut-être. Au VIIIème siècle, la future métropole de la Haute Alsace n'était encore qu'une villa royale. Ce domaine du fisc, fut donné plus tard, soit à l'abbaye de Munster, soit à l'abbaye de Payerne, dans le pays de Vaud, et c'est sur ces terres ecclésiastiques que se fit le groupement initial qui constitua le village, puis le bourg de Colmar. Il du ses premiers privilèges aux Hohenstaufen, comme mainte autre localité de la province. Le bailli provincial Woelfelin le fit enceindre de murailles et, en 1226, l'empereur Frédéric II accordait à Colmar les privilèges d'une ville impériale. A partir de ce moment, les populations voisines vinrent y chercher volontiers un abri, et sous l'impulsion de prévôts énergiques, dont les plus célèbres par leur valeur et leur sort tragique furent les deux Roesselmann, nous voyons la nouvelle cité prendre une part active aux luttes locales incessantes de la haute Alsace, ainsi qu'aux guerres plus générales entre la maison d'Autriche et celles de Wittelsbach et de Luxembourg. Au milieu de ces querelles extérieures à peu près continuelles, Colmar poursuit le développement de ses institutions municipales et le statut de 1360 lui donne une constitution à la fois démocratique et suffisamment conservatrice pour empêcher dorénavant les mécontentements et les querelles du dedans. Elle traverse aussi, non sans de pénibles efforts, les guerres du 1Ve siècle, l'invasion des Armagnacs et des Bourguignons, puis elle jouit d'une ère de repos relatif qui se prolonge jusqu'au moment de la Réforme.
Le grand mouvement religieux et politique, si intense dans la Basse Alsace, grâce à l'exemple et à l'influence de Strasbourg, ne se fit sentir d'abord que faiblement clans la partie méridionale de la province. Enserré de toutes parts par des terres ecclésiastiques ou par celles de la maison d'Autriche, Colmar resta longtemps à l'écart de l'effervescence générale et le nombre des partisans de la doctrine nouvelle, bien qu'il s'en trouvât de bonne heure, y fut pendant des années peu considérable.
Le gouvernement leur manifesta d'ailleurs sa tolérance en leur permettant de suivre le culte luthérien de Horbourg, sur terre wurtembergeoise, aux portes de la ville. Lorsque les protestants de Colmar virent grossir leur chiffre, le Magistrat se montra même disposé à consentir à l'organisation d'un prêche dans la ville même (1568) mais cette tentative échoua grâce aux efforts des bourgeois catholiques et du clergé. Sept ans plus tard, la situation changea. Un certain nombre de notables de Schlestadt, expulsés de leur ville natale pour cause d'hérésie, vinrent s'établir à Colmar et furent portés bientôt au Magistrat, dont la majorité se trouva ainsi gagnée à la foi nouvelle. Aussi, soutenu par une partie notable de la bourgeoisie, le Conseil décréta-t-il, en 1575, l'introduction officielle du luthéranisme à Colmar. Aux remontrances de l'empereur Rodolphe II, il répondit qu'il ne faisait qu'user d'un droit formel, reconnu par le traité d'Augsbourg à tout État de l'Empire, et dans l'équilibre instable où se trouvaient alors toutes choses, on n'osa pas employer de moyens de répression matériels.
Pendant une quarantaine d'années, le protestantisme domine donc dans la cité, sinon dans les rangs de la bourgeoisie elle-même, du moins dans ceux du Magistrat permanent; celui-ci, formé de partisans décidés de Luther, exclut à son tour les adversaires de toute participation au pouvoir exécutif de la cité, ou ne leur accorde du moins qu'un certain nombre de places parmi les conseillers annuellement élus.
Cette situation pénible devait naturellement aigrir les catholiques, et ils attendaient avec impatience une occasion favorable. pour prendre leur revanche. Une fois l'électeur palatin écrasé et le roi de Danemark refoulé dans ses îles, l'empereur Ferdinand II s'empressa d'accueillir leurs doléances; dans un rescrit du17 juillet 1627, il sommait le Magistrat protestant de revenir à l'ancienne foi ou d'abandonner le pouvoir, et comme celui-ci ne faisait pas mine d'obéir, des commissaires impériaux vinrent, en 1628, hâter la révolution politique et religieuse. Le culte protestant fut supprimé, les luthériens non seulement éloignés du Conseil, mais bannis en grand nombre, et le catholicisme régnait en maître à Colmar quand un nouveau revirement s'y produisit par l'intervention des armes suédoises.
La ville avait, une garnison de troupes impériales, peu nombreuse d'ailleurs, quand Gustave Horn, après avoir occupé Benfeld, Molsheim, Schlestadt, etc., déboucha dans la Haute Alsace vers la fin de l'année 1632. La bourgeoisie de Colmar, mécontente de la conduite des soldats et sans confiance en leur chef, refusa de s'associer à la résistance du colonel Vernier et capitula, le 19 décembre, après quelques .scènes tumultueuses qui faillirent amener, dans la ville même, de sanglants conflits. Le général suédois rétablit les protestants dans leurs droits et leur rendit leur église, mais le nouveau Magistrat luthérien se vit bientôt aux prises avec les difficultés les plus graves. Les vainqueurs amis demandaient de l'argent et des fournitures en nature énormes, et le commerce des vins et des céréales, ressource principale de Colmar, était à peu près paralysé par la guerre. Des 1.400 bourgeois que l'on comptait en 1627, il en restait à peine 800, dont 200 prolétaires et une centaine de veuves. Sans cloute Oxenstierna tâchait d'augmenter les revenus de ses alliés colmariens ; en avril 1634, il leur faisait doit de quelques villages, attenant à leur bailliage de Sainte-Croix; en mai, il leur donnait, de compte à demi avec la ville de Munster, l'administration de l'abbaye de ce nom. Mais après la bataille de Noerdlingen, se sentant trop faible pour porter seule le poids de la guerre en Alsace, la Suède s'effaçait devant la France et lui confiait désormais la protection de ses alliés dans la province.
Le Magistrat de la ville impériale ne fut pas médiocrement ému de la signature de ce traité du 1er novembre, qui le mettait, pour ainsi dire, à la disposition d'un tiers. Il y avait à craindre que les villes d'Alsace ne préférassent encore faire leur paix avec Ferdinand qui, selon le mot de Melchior de l'Isle, « les appelait à soi et leur donnait carte blanche». Sans doute Richelieu aurait préféré tenir Colmar comme une conquête cédée par la Suède, que comme un client qu'il faut ménager, mais le moment n'était pas venu d'effaroucher les esprits. Aussi consentit-il à rassurer les gouvernants de la ville impériale en faisant ratifier par Louis XIII, le 2 août 1635, le traité de Rueil qui lui garantissait toutes ses libertés et lui assurait la protection royale jusqu'à la paix, après laquelle elle serait remise en l'état qu'elle occupait avant les troubles d'Allemagne. Ce fut un gentilhomme réformé, M. de Manicamp, qui fut nommé gouverneur de la Haute Alsace et quand l'envoyé colmarien, le syndic Mogg, prit congé du cardinal, celui-ci lui promit « que Colmar serait secouru avec autant de zèle que Paris ».
Manicamp eut fort à faire en arrivant dans sa nouvelle résidence ; la misère y était grande, les blés manquaient ; déjà l'on y mangeait du pain fait avec des glands, on rognait la maigre pitance des pensionnaires de l'hospice, on diminuait le nombre des mercenaires de la garnison, et cependant l'on succombait presque sous le fardeau de la dépense quotidienne. Quand le gouverneur français, tombé en disgrâce à la cour, fut remplacé par M. de Montausier, le futur duc et pair, les affaires se trouvèrent encore en plus mauvais état, car le nouveau venu, « jeune, fâcheux et suffisant », négligeait le service, ne se levait qu'à onze heures du matin et blessait le Magistrat par ses dédains et sa hauteur. On comprend que l'opinion publique, au moins parmi les protestants de Colmar, se soit prononcée dans cette situation pour Bernard de Weimar dont on n'appréhendait, peut-être à tort, aucune usurpation dans l'avenir. Mais une fois le conquérant de Brisach disparu, rien ne pouvait faire contrepoids à l'influence française en Alsace, et bien que Mazarin fit ratifier au printemps de 1644 le traité de Rueil par le petit roi, pour calmer les appréhensions des Colmariens, ceux-ci n'en ressentirent pas moins, dès ce moment, des inquiétudes mortelles, nourries par les rapports de leur délégué au Congrès.
Un fait, d'ordre secondaire par lui-même, vint aviver encore les craintes du Magistrat de Colmar. Le 28 novembre 1645, un religieux de l'ordre de Cluny, Dom Charles Masuer, se présentait devant lui, porteur de lettres royales, contresignées Brienne, par lesquelles il était autorisé à prendre possession du prieuré de Saint Pierre, qui, depuis plus de cent ans, appartenait à la ville impériale, par suite d'un contrat de vente absolument régulier. Le commandant de place, Clausier, était chargé de procéder à l'éviction des détenteurs actuels. Ainsi donc, au milieu des négociations ardues, au cours desquelles il avait tout lieu de conserver la confiance des protestants d'Allemagne, le gouvernement français s'exposait à les froisser et à les désaffectionner, pour appuyer un coureur de bénéfices ! C'est qu'il se sentait déjà presque assuré du résultat définitif, et c'est sur un ton presque dédaigneux que Brienne répondait, le 15 novembre 1646, à un mémoire de l'agent Beck sur les droits de Colmar : « Toute l'Alsace aurait dû nous revenir, y compris Colmar et les autres villes impériales. Mais comme on a objecté que c'étaient des villes libres... on leur laissera leur indépendance »
On a vu dans le chapitre relatif aux négociations de la paix de Westphalie comment furent enfin rédigés, en novembre 1647, en deux versions contradictoires juxtaposées, les paragraphes qui, aux yeux de la France, tranchaient en droit, à son profit, la question des villes impériales, des grandes comme des petites, pour Colmar aussi bien que pour Turckheim et Kaysersberg. En fait, il y eut pour l'exécution de la sentence, un répit qui ne dura pas moins d'un quart de siècle, et l'on peut constater que l'impression générale des habitants de Colmar, fort pessimiste au moment de la signature du traité de Munster, était devenue fort optimiste, quand immédiatement après la fin de la lutte, ils avaient vu sortir de leurs murs la petite garnison française qui y était depuis quinze ans. Puisque le coup fatal qu'ils appréhendaient ne les avait pas immédiatement frappés, ils se croyaient sauvés « La ville est rentrée dans son état antérieur de ville libre impériale; que Dieu en soit loué, béni et remercié ! » écrivait à ce moment l'auteur de la Chronique de la Douane. Les événements de 1673 devaient leur faire voir que cette joie était prématurée, et en même temps que ses murs, dont les paysans du Sundgau arrachaient avec entrain les fondements eux-mêmes, Colmar vit disparaître alors ce qui lui restait d'importance politique. Ses habitants ne trouvèrent qu'une faible consolation à cette disgrâce en pouvant désormais s'étendre librement au dehors, car la nouvelle enceinte, établie d'abord par ordre de Louis XIV, fut enlevée bientôt après, et il ne resta tout autour de la ville qu'un mur de briques, « un peu plus haut qu'une pique, et tel qu'on en voit autour des parcs à gibier des grands seigneurs ».
Très malheureux d'abord du sort qui l'avait frappé, très hostile, dans certaines couches de sa population du moins, aux éléments nouveaux qui venaient s'y établir, Colmar fut, néanmoins la ville d'Alsace qui changea le plus rapidement de physionomie; dès la première moitié du XVIIIe siècle, elle devint presque française de moeurs et de langage, grâce à l'influence considérable de la cour, souveraine, et plus tard elle constitua un centre scientifique et littéraire capable de rivaliser sur certains domaines avec Strasbourg.
La constitution de Colmar avait été révisée dans un esprit démocratique au XIVe siècle; la noblesse, de tout temps peu nombreuse, n'existait plus même à l'époque qui nous occupe. La prévôté impériale, autrefois la magistrature la plus importante de la cité, avait été rachetée par la ville dans la seconde moitié du XVe siècle, et ce fut dorénavant un des magistrats annuels qui en remplit les fonctions. Au moyen âge, les bourgeois étaient partagés en vingt tribus ou corporations de métiers, déléguant chacune un représentant au Conseil, mais une modification du statut municipal, faite en 1521, d'accord avec le landvogt, Jacques de Morimont, réduisit le nombre des tribus à dix, dont chacune avait à nommer deux sénateurs. Les nobles, réunis en curie à l'auberge de la Couronne, désignaient quatre représentants. Cela donnait un Conseil (Rath) de vingt-quatre membres. En outre, chaque tribu élisait plusieurs échevins (Schoeffen) et un maître échevin (Obristzunfmeister) qui, dans les occasions politiques plus importantes, étaient appelés, à donner leur avis sur les décisions à prendre. Mais en temps ordinaire, ce grand conseil des échevins (Schoeffenrath) ne fonctionnait que pour choisir les quatre bourgmestres (Settmeister) qui se succédaient par trimestre dans la régence, et le prévôt.
Vers la fin du XVIe siècle, l'élection des représentants de la noblesse cessa d'elle-même, les familles nobiliaires étant éteintes ou ayant quitté la ville. Dès 1680, l'alternative confessionnelle fut établie par les élections au Magistrat, et pour mieux surveiller celui-ci, le gouvernement y créa, de même qu'à Strasbourg, un préteur royal, qui devint naturellement le vrai chef du pouvoir exécutif (1686).
Le prévôt et ses quelques assesseurs (Gerichtsherren) formaient l’instance judiciaire inférieure. On en appelait pour les affaires civiles et criminelles au Sénat ou Conseil (Meister und Rath). Si l'objet en litige dépassait une valeur de cinquante florins, il était permis d'en appeler une seconde fois à la Chambre impériale de Spire; au criminel cependant, la sentence restait acquise. Colmar avait de plus, comme Strasbourg, une série de corps judiciaires spéciaux, juges matrimoniaux (Ehegericht), commissaires aux tutelles (Waisenvoegte), etc.
Colmar était inscrit à la matricule de l'Empire pour 4 cavaliers et 30 fantassins, ou pour un « mois romain » de 168 florins. Elle contribuait pour 80 florins aux frais d'entretien de la Chambre de. Spire. Ses revenus, bien diminués au moment de sa soumission à la France se montaient, vers le milieu du XVIIIème siècle, à environ 90,000 livres.
En dehors de ses murs, Colmar possédait au XVlle siècle le village de Sainte-Croix en Plaine, acquis en 1536 d'un des membres nobles de son Conseil. Durant l'occupation suédoise, le chancelier Oxenstierna lui fit cadeau, comme nous l'avons indiqué déjà, de quelques villages, Herrlisheim, Soultzbach, Holtzwihr et Wickerswihr, enlevés à la famille de Schauenbourg, très attachée à la cause impériale et catholique. Mais ces terres furent restituées, même avant la signature des traités de Westphalie. Quant à la seigneurie de Hoh-Landsberg, c'est au XVIIIe siècle seulement que Louis XIV en conféra le domaine utile à la ville, en échange des biens du prieuré de Saint Pierre, qu'il lui demanda de céder au Grand Châpitre de Strasbourg.